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[1]黄杰,杨波,贾银平,等.白鹭基因组微卫星分布规律研究[J].重庆师范大学学报(自然科学版),2019,36(05):66.[doi:10.11721/cqnuj20190516]
　HUANG Jie,YANG Bo,JIA Yinping,et al.The Distribution Regularities of Microsatellites in Egretta garzetta Genome[J].期刊社,2019,36(05):66.[doi:10.11721/cqnuj20190516]
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白鹭基因组微卫星分布规律研究

重庆师范大学学报（自然科学版）[ISSN:1672-6693/CN:50-1165/N] 卷: 36 期数: 2019年05期 页码: 66 栏目: 动物科学 出版日期: 2019-09-25
Title:
The Distribution Regularities of Microsatellites in Egretta garzetta Genome
作者:
黄杰;杨波;贾银平;杨承忠;
商丘师范学院 生物与食品学院,河南 商丘 476000;中国大熊猫保护研究中心,四川 都江堰 611830;大熊猫国家公园珍稀动物保护生物学国家林业和草原局重点实验室,四川 都江堰 611830;重庆师范大学 生命科学学院 重庆市动物生物学重点实验室,重庆 401331
Author(s):
HUANG Jie;YANG Bo;JIA Yinping;YANG Chengzhong
关键词:
白鹭; 微卫星; 基因组; 分布规律
分类号:
Q953
DOI:
10.11721/cqnuj20190516
摘要:
【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1～6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列长度的0.37%。不同重复类型的微卫星中,单碱基的数量最多,有207 108个,占全部类型的81.0%;然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基,分别占全部类型的6.4%,5.3%,4.9%,2.0%和0.4%。A,C,AC,AT和AG是白鹭基因组微卫星序列中重复数量较多的拷贝类型,占全部重复类型的87.4%。在白鹭基因组中,按降序排列,重复类型出现次数超过1 000次的有17个,分别是T,A,AT,G,C,AC,GT,ATT,AAT,ATTT,AGG,AAAC,CCT,AAAT,CT,GTTT和AG,占全部微卫星数量的92.7%。【结论】研究结果对白鹭微卫星的筛选及深入研究提供了数据支持。
更新日期/Last Update: 2019-09-25