利用 ITS-5.8S rDNA 为分子标记研究了采自重庆市大竹林、两路、磁器口和江西省鄱阳湖的多涅茨尾孢虫(Henneguya doneci)种群地理变异情况。通过系统发育、遗传距离、变异位点和 AT 含量分析，结果显示：重庆磁器口种群是所有种群中变异最大的种群，也是最原始的种群；江西鄱阳湖种群与重庆大竹林种群 1 和重庆两路种群有较近的亲缘关系；重庆大竹林 1 种群与重庆两路种群间无差异；ITS-5.8S rDNA各基因片段中，ITS-1和ITS-2的AT含量最高，也是在种群间变异最大的基因，而5.8S rDNA则相对保守。研究提示：江西鄱阳湖种群可能由重庆种群通过人为因素引入；重庆磁器口种群极可能是一个外来种群；重庆大竹林 1 种群与重庆两路种群间可能存在较频繁的基因交流；ITS-1 和 ITS-2 是粘孢子虫种群水平分析中较理想的分子标记，5.8SrDNA 则相对较为保守，在遗传分析中并不能较好的反映种群水平的变异情况。