人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析
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重庆师范大学 生命科学学院,重庆 401331 ; 西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆 400716 ;云南农业科学研究院蚕蜂研究所,云南 蒙自 661101

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Characterization and Genomic Evolution of MITEs in Microsporidian Trachipleistophora hominis
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    利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫( Trachipleistophorahominis )基因组内鉴定到 9 个 MITEs 家族ThME1~ThME9 ,共 123 个拷贝, MITEs 转座子的长度均小于 600bp 。根据靶位点重复序列( Targetsiteduplication ,TSD )的不同,将 ThME1 归 属 于 Tc1 / Mariner 超 家 族, ThME2 和 ThME3 归 属 于 PIF / Harbinger 超 家 族, ThME5 和ThME6 归属于 CACTA 超家族(超家族的名字用正体较好,下同),其余家族归为新家族。分析发现,人气管普孢子虫中的所有 MITEs 家族的吉布斯自由能均小于 0 ,表明 MITEs 家族具有形成二级结构的潜能,有利于该家族在基因组上转座。人气管普孢子虫 MITEs 家族在基因组的插入时间估计在 0~800 万年内,而且这种插入在基因组中是随机的,没有位置偏向性,并发现 2 个 MITEs 转座子拷贝插入到基因编码区内部。上述结果为进一步研究微孢子虫 MITEs 转座子的起源以及功能奠定了基础。

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引用本文

刘璐,何强,陈世良,张小燕,周泽扬,许金山
.人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析
[J].重庆师范大学学报自然科学版,2016,(5):12-17

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