选取重庆武陵山脉、大巴山脉以及大娄山脉的4个中华蜜蜂地理种群,对它们的形态和mtDNA非编码区遗传多样性进行了比较分析。6 项形态指标聚类分析显示4个地理种群主要分为武隆 - 南川 - 江津支、南川 - 江津 - 城口支、城口支共3 个大支。对mtDNAtRNA leu~COⅡ 段的序列进行测定并分析其中的非编码区,发现4个地理种群呈现5个单倍型,包括3个共有单倍型和2个种群特有单倍型,整体单倍型多样度为0.754±0.00559,核苷酸多样度为0.01819。单倍型网络中介分析和聚类分析发现,单倍型H1,H3为武隆与城口中华蜜蜂所共有,与湖北荆门中华蜜蜂2个单倍型最为近缘,而与南川 - 江津中华蜜蜂单倍型H4距离较远;单倍型H2,H5分别为城口和南川中华蜜蜂所特有,单倍型H2起源于单倍型H3,单倍型H5与其余单倍型表现出分离。以上结果暗示重庆市4个中华蜜蜂地理种群形态分化与三大山脉地理环境具有关联性,但mtDNA多样性与地理无直接关系。