【目的】随着社会经济的快速发展,环境污染日趋严重,当前急需解决的问题经济发展与环境污染之间的矛盾,生态补偿作为环境治理的有效手段受到了各界学者的关注。【方法】运用博弈论的方法,对流域上下游政府之间的博弈进行基本假定,构建演化博弈理论模型,并利用雅克比矩阵局部均衡点稳定性分析得到该博弈模型的最优解。【结果】基于流域博弈分析的结果,以重庆三峡库区为例,对三峡库区后续发展生态补偿进行分析,得到保护-补偿策略为重庆三峡库区生态补偿的最优策略。【结论】随着社会经济和工业化进程的快速发展,政府每年都会对库区投入保护成本,保护和补偿策略仍然是重庆三峡库区后续发展最优化的环境保护补偿稳定策略。