【目的】为研究三峡库区2006—2016年水环境污染造成的经济损失量。【方法】选取易受到水环境变化影响的渔业、工业、农业、生活用水功能为主要水体功能,基于水体功能污染损失率,计算分析库区水体污染对主要水体功能造成的经济损失。【结果】1)2006—2016年三峡库区水体功能中生活用水和渔业受水环境变化的影响程度较大,农业受水体污染影响最小;各类产业损失值中,工业的功能经济损失量最大,其次是农业、生活用水、渔业。2)库区整体生产总值增长速度快于水体功能经济损失率的下降速度,导致库区水环境污染损失量在功能经济损失率下降的情况下仍逐年上升,但增加值总体呈减小的趋势。研究时间内三峡库区的年均水环境污染功能经济损失高达80亿元,约占年均GDP的2.17%,损失额年均增长值占GDP年均增加值的比重约为1.63%。3)社会经济情况对水质及水体功能经济损失影响很大,产业结构的变化直接影响库区水质变化及水体功能经济损失。主要表现为水质随第二产业占比的增加而恶化,反之好转;水体功能经济损失的增加随第二产业占比的增加而加速,反之减缓。【结论】三峡库区经济效益可以弥补库区水体功能损失,但代价非常大,长期发展应以环保建设为主。