【目的】了解重庆长寿湖秋季底泥微生物多样性。【方法】通过16SrRNA基因扩增和测序分析了2017年9月长寿湖野猫岩、板桥、两河口、同心、堤坝等5个监测点底泥微生物的多样性和种类结构。【结果】汇流的微生物丰度比支流的更大,堤坝的微生物丰度最大;微生物组成与小区域内环境相关,板桥和同心微生物组成相似;长寿湖底泥中变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)等微生物较为丰富,主要参与C,N,S及重金属元素的循环;环境因子中Pb和Cr的含量明显影响长寿湖底泥中微生物群落结构。【结论】长寿湖底泥微生物组成受周边环境、重金属等污染因子影响较大,底泥中参与C,N,S等污染物代谢的菌群活跃,污染情况不容忽视。