【目的】研究2009—2018年三峡库区重庆段农业绿色全要素生产率(Green total factor productivity, GTFP)，并探讨有关影响因素。【方法】将农业面源污染与碳排放纳入到评价体系之中，运用超效率基于松弛变量测度模型测算2009—2018年三峡库区重庆段农业GTFP指数，利用两步系统高斯混合模型实证分析有关影响因素。【结果】1) 2009—2018年三峡库区重庆段整体农业GTFP平均每年上升19.9%，其中主要原因是技术进步指数的提高，而综合技术效率对整体农业GTFP的促进作用较小；2） 10年发展过程中涪陵区发展最为明显，三峡库区城区段的东北部地区发展速度较快，而重庆主城都市区受制于经济结构调整等原因农业GTFP相对其他区县较低；3） 公路基础设施、城镇化水平、金融支持程度以及适度的城乡收入差距对农业GTFP有正向促进作用，而财政支农和地区经济发展水平对农业GTFP有明显抑制作用。【结论】研究结果对于三峡库区重庆段农业绿色发展，对于筑牢长江上游重要生态屏障具有一定参考价值。