大分舌蜂EST-SSR微卫星分子标记开发与特征分析
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重庆师范大学 生命科学学院 媒介昆虫重点实验室, 重庆 401331; 南京师范大学 生命科学学院, 南京 210046; 慕尼黑工业大学 医学院, 德国 慕尼黑 80333

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LU Huanhuan; DI Yilin; WANG Xiaojun; FAN Xiaodong; HUANG Dunyuan

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    【目的】构建中国油茶(Camellia oleifera)主要传粉昆虫之一的大分舌蜂(Colleles gigas)cDNA文库并利用全国几个典型样本筛选微卫星DNA(Simple sequence repeat,SSR)位点,为该蜂种群遗传多样性和遗传分化研究提供可靠的分子标记。【方法】使用10头大分舌蜂雌性幼虫构建cDNA文库,用Illumina Hiseq TM 2500高通量测序平台测定cDNA文库数据,通过SSR筛选软件MISA进行检索发掘SSR标记;利用Primer Premier 5.0软件设计引物,利用荧光标记技术进行分型。【结果】从cDNA文库序列中筛选得到16 457个SSR,其中15 563个(占比为94.57%)是完整型SSR,872个(占比为530%)是不完整型SSR,22个(占比为0.13%)是复合型SSR;完整型SSR中单碱基SSR最为丰富,共10 910个,占总SSR数量的70.11%,其余依次是二碱基SSR (2 099个,占比为13.49%)、三碱基SSR(2 408个,占比为15.47%)、四碱基SSR(136个,占比为0.87%)和五碱基SSR (10个,占比为0.06%)。对80对EST-SSR引物在6个不同地理种群32头大分舌蜂中进行验证,共有6对EST-SSR引物较好地扩增出目的片段,共获得192个等位基因,平均等位基因数为11.833 332个,平均有效等位基因数为4.149 8个,香农信息指数范围为1.362 6~2.119 2,平均观测杂合度为1.000,平均期望杂合度为0.800,多态信息含量范围为0.710~0.879,且平均值为0.761。【结论】研究所开发的6对大分舌蜂EST-SSR引物对应的产物多态性较高,遗传多样性也较高,可以应用于该蜂种的遗传多样性、遗传分化、种质资源保护等领域的后续研究。

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引用本文

陆欢欢; 狄怡琳; 王小军; 范晓东; 黄敦元.大分舌蜂EST-SSR微卫星分子标记开发与特征分析[J].重庆师范大学学报自然科学版,2020,(4):33-

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