【目的】基于山水林田湖草生命共同体理论，研究三峡库区重庆段的生态资源合理配置问题。【方法】考虑人类活动对生命共同体的影响作用，加入“城”的要素，结合区域自然与社会经济发展特征选取典型代表年，开展三峡库区重庆段的山水林田湖草·城生命共同体健康轨迹评价，利用RAGA-PPCE探寻变化分异格局与健康驱动机制。【结果】1) 山水林田湖草·城呈现出空间地域的稳定性和时间序列的动态性，且健康状况日趋良好。从2000年至2017年，中度病态占比由27.27%下降至4.45%，仅巫溪县处于中度病态；2) 健康评价指标体系主要影响因素为驱动力（0.190）、响应（0.168）和状态（0.143），主要影响因子是城镇化率（0.218）、人口密度（0.210）、绿化覆盖率（0.206）、无害化垃圾处理率（0.193）和林地覆盖率（0.188）；3) 重庆主城区及附近区(县)，需着重考虑土地资源的综合利用；库区腹部侧重生态保护前提下可寻求增值效应。【结论】首次以山水林田湖草·城生命共同体尝试建立健康评价指标体系，综合考虑人地关系以及人与自然的协同发展，开展生命共同体健康轨迹评价与发展对策，对区域生态建设尤其是三峡库区自然资源国情与长江流域生态屏障建设具有重要的学术价值与理论创新。