长鳍吻鮈消化道由口咽腔、食道、肠和肛门几部分组成,食道粗短,肠较长,在活体内呈"N"形盘旋状;消化腺分为肝脏和胰腺,肝脏暗褐色,分被、腹两叶,胰为弥漫型,分布于口咽、食道肠壁和肝脏内,肉眼不可分辨;食道上皮为复层上皮,而肠上皮为单层柱状上皮,少量杯状细胞分布于食道、肠前段、肠中段上皮细胞之间,肠后段杯状细胞丰富;消化道肌肉层分2层,内层为环肌,外层为纵肌。肌肉层从肠前段到肠后段逐渐加厚;肝小叶不明显,肝细胞呈卵圆形或多角形。