【目的】研究哈利特角形虫(Ceratomyxa hallettae)在不同地理分布和宿主种类下的遗传分化。【方法】基于哈利特角形虫的形态学、18S rDNA的分子特征、系统发育、宿主、地理分布等特征对哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系间的遗传分化进行研究。【结果】褐蓝子鱼(Siganus fuscescens)为哈利特角形虫的新宿主；形态学分析显示哈利特角形虫两株系在形态量度上差异较小；分子特征分析显示两株系18S rDNA序列之间存在7个变异位点，且两者相似度为99.60%，遗传距离为0.003 8；系统发育分析表明，哈利特角形虫中国株系聚于海洋角形虫进化支，且与澳大利亚株系形成姐妹群关系。【结论】宿主种类差异与长期的地理隔离可能是造成哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系在分子(18S rDNA)和形态上发生分化的主要原因。综合角形虫的系统发育、地理分布、宿主类群等信息可知，哈利特角形虫的原始宿主可能为单斑裸颊鲷(Lethrinus harak)，而褐蓝子鱼应为该寄生虫经历了宿主转移事件而获得的新宿主。