【目的】考察三峡库区两种小型鲤科(Cyprinidae)鱼类的个体和器官代谢率。【方法】对大宁河水域分布的红尾副鳅(Paracobitis variegatus)和云南盘鮈(Discogobio yunnanensis)的体质量、器官质量、个体代谢率和器官代谢率进行测定和比较。【结果】在校正体质量后，红尾副鳅在个体静止代谢率、心质量、嗅球质量和肝代谢率方面均低于云南盘鮈，且差异都具有统计学意义(p<0.05)；但红尾副鳅的脑代谢率与云南盘鮈的脑代谢率相比有统计学意义上的升高(p<0.05)。【结论】红尾副鳅具有中高代谢水平，云南盘鮈具有极高代谢水平，两种鱼类代谢水平的差异可能与它们食性及身体器官的差异有关。