【目的】研究绿头鸭(Anas platyrhynchos)的全基因组微卫星分布特征及规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的绿头鸭全基因组查询搜索并进行特征分析。【结果】在绿头鸭1 070 Mbp的基因组中，1～6个碱基重复的微卫星数量有476 957个，总长度为9 101 935 bp，相对丰度为445.77个·Mb-1，占全基因长度的0.83%。不同重复类型的微卫星中单碱基的数量最多，有326 468个，长度为5 444 144 bp，占基因组微卫星总数的68.45％；然后依次是四碱基、二碱基、三碱基、五碱基和六碱基，数量分别为66 753，30 262，29 712，20 248和3 514个，长度分别为1 504 868，501 244，527 310，920 915和203 454 bp，分别占基因组微卫星总数的14%，6.34%，6.22%，4.25%和0.74%。绿头鸭基因组中，分布数量最多的14种拷贝类型按数量由多到少排列依次是A，AAAC，AAAT，AT，AAT，AC，AAC，AAAAC，C，AG，AAAAT，AAAG，AAGG和AGG，这些拷贝类型的数量均超过2 500个，合计占基因组微卫星总数的95.1%，有明显的A偏倚。【结论】研究结果为绿头鸭微卫星的筛选和开展进一步的分子生物学研究奠定了基础。