随着城市化和工业化进程的加快，城市中大量的农业及生态保护用地被侵占，开发可持续性受到威胁。而目前的城市规划和生态等规划是各自为营，要将经济、生态、环境综合考虑是实现城市和谐高效发展的重要途径。本文在以生态为导向的城市空间结构优化研究基础上，提出综合采用生态功能控制性分区理念和经济发展适宜性思想，构建以生态为主导的城市空间结构优化组织从而更全面地进行城市规划。研究以重庆市九龙坡区为例，利用GIS空间分析技术进行城市生态功能控制性区划和经济发展适宜性分区，并采用空间叠置方法确定了九龙坡区的城市空间结构优化区。将九龙坡城市空间功能区划分为禁止、限制、优先和重点开发区4种类型，其面积分别占全区域土地面积的15.54%、24.14%、12.95%和47.37%。研究对目前城市空间规划和生态规划等工作有一定的借鉴和扩展意义。