2026, 43(4):56-66.
DOI: 10.11721/cqnuj20260403
摘要:
为了系统揭示凤头潜鸭(Aythya fuligula)全基因组微卫星的分布特征及微卫星相关基因的潜在功能，本研究基于已公布的该物种染色体水平基因组数据，利用生物信息学方法对全基因组微卫星的分布特征进行了系统分析，并对位于外显子区的微卫星所在基因进行了功能注释。结果表明，在约1 093 Mbp的凤头潜鸭基因组序列中，共筛选出1～6个碱基重复的微卫星585 346个，总长度13 232 974 bp，占基因组总长度的1.17%。在6种重复类型中，单碱基重复的数量最多，占微卫星总数的68.45%；其次为四碱基重复和二碱基重复，分别占微卫星总数的13.97%和10.48%；五碱基和六碱基重复的占比最低。微卫星碱基组成呈现明显的A碱基偏倚：单碱基重复以A拷贝类别最多，二碱基重复中AT拷贝类别最为丰富，四碱基重复以AAAX类型为主。分布数量最多的10种微卫星拷贝类型依次为A、AAAC、AAAT、AT、AAT、C、AC、AAC、AAAAC和AAAAT，每种类型的数量均超过9 200个，总数为518 077个，占微卫星总数的88.5%。染色体分布分析表明，微卫星数量与染色体长度存在统计学意义上的正相关(r=0.993, p<0.001)，Z染色体在相对丰度和密度上均明显高于常染色体，而W染色体的相对丰度和密度则明显偏低。GO注释结果显示，基因中涉及生物过程的基因数量最多。在KEGG通路富集分析中，有135条通路被注释到，其中FoxO信号通路、Notch信号通路及脂代谢通路等通路存在统计学意义上的富集(p<0.05)，这些通路的富集可能与凤头潜鸭的迁徙适应及神经导航能力有关。本研究首次系统揭示了凤头潜鸭全基因组微卫星的分布特征及外显子微卫星相关基因的功能富集，可为后续微卫星分子标记开发、种群遗传多样性分析和环境适应机制研究提供参考。
