据国家环保部长江三峡工程生态与环境监测公报（简称三峡公报）发布的1996—2008年三峡库区的水质监测实测数据进行分析整理。以2003年和2006年作为标志性节点，分析其水质变化趋势。结果表明：三峡库区沿程干流及远坝支流乌江除2006年及嘉陵江除2004、2006年外，其余年份水质均达到或优于Ⅲ类水质断面，受蓄水影响不大；近坝支流澎溪河（小江）、大宁河则受大坝壅水影响，与蓄水前相比，支流口流速减缓，甚至呈静流状态，其断面水质由1999年的Ⅱ类降为2005年开始的Ⅳ类，局部水环境趋复杂化，并且库区内“水华”现象近年有所加重。分析水质变化的原因主要有成库后库区江段流速迅速减小，二期蓄水后库区全江段断面平均流速下降为0.17m/s;，仅为天然河道平均流速的1/4，天然河道断面平均流速的1/5，以及库区各种污染物质排放等。最后从加强产业结构调整和库区坡耕地整治以及完善水环境监测体系和法律法规等4个方面提出保护水质的措施和建议。