生境破碎是许多物种生存的主要威胁,不同物种对生境破碎的反应不同,破碎后种群遗传多样性的信息对物种的保护具有较大的指导意义;缙云卫矛(EuonymuschloranthoidesYang)为重庆地区特有濒危植物,由于公路修建、旅游景点开发等因素的影响,缙云卫矛种群遭受了严重的生境破碎,居群小且处于隔离状态。对位于缙云山的该物种4个居群的遗传多样性分析表明:59.38%的遗传变异存在于居群内,40.62%的遗传变异存在于居群间,居群之间表现出较高水平的遗传分化,居群间遗传分化较大与该物种居群间的长期隔离,花粉、种子的扩散距离较近有关;遗传多样性最高的居群的多态位点百分率为64.58%,但最小的板子沟居群多态位点百分率仅29.17%,表明小居群不利于遗传多样性的维持。居群间的基因流(Nm)偏小,为0.7309,难以抵消遗传漂变引起的居群间的遗传分化;聚类分析显示距离最近的居群首先聚在一起,表明该物种居群间遗传分化大小受空间距离远近影响。研究认为对该物种的有效保护应加强对小种群的就地保护,增强居群间的基因流,防止小居群遗传多样性的进一步丧失。